Nejvyšším řídícím orgánem ČNB je bankovní rada, jejímiž členy jsou guvernér, dva viceguvernéři a čtyři vrchní ředitelé. Všechny členy bankovní rady jmenuje prezident republiky na šestileté období.

V souladu se svým hlavním cílem ČNB určuje měnovou politiku, vydává bankovky a mince, řídí peněžní oběh, platební styk a zúčtování bank, vykonává dohled nad bankovním sektorem, kapitálovým trhem, pojišťovnictvím, penzijním připojištěním, družstevními záložnami, institucemi elektronických peněz a devizový dohled.

Jako ústřední banka poskytuje ČNB bankovní služby pro stát a veřejný sektor. Vede účty organizacím napojeným na státní rozpočet, kterými jsou: finanční a celní úřady, Česká správa sociálního zabezpečení, úřady práce, příspěvkové organizace, státní fondy, účty napojené na rozpočet Evropských společenství apod. Na základě pověření Ministerstva financí provádí operace spojené se státními cennými papíry.

Sídlo ústředí ČNB je v Praze. Sedm regionálních poboček se nachází:

Praha