Předmětem činnosti AOPK ČR je:

• sledování stavu, změn a vývojových trendů vybraných biotopů a populací ohrožených druhů a krajiny,
• vedení Ústředního seznamu ochrany přírody (ÚSOP) a centrální státní dokumentace ochrany přírody a krajiny, vedení specializované knihovny a správního archivu,
• vytváření, správa a vedení Informačního systému ochrany přírody (Portál ochrany přírody a Mapový server),
• odborná podpora výkonu státní správy, metodická a znalecká činnost, a to zejména prostřednictvím regionálních pracovišť, 12 krajských středisek,
• výkon státní správy v ochraně přírody a krajiny na území 24 chráněných krajinných oblastí a na ostatním území ČR v rozsahu daném zákonem č. 114/1992 Sb., o ochraně přírody a krajiny, a to zejména prostřednictvím regionálních pracovišť, 23 správ CHKO a jedno od 1. ledna 2010 sloučené pracoviště, tj. Správa CHKO Jizerské hory a krajské středisko Liberec
• realizace praktických opatření na ochranu přírody a krajiny na území 24 chráněných krajinných oblastí a maloplošných zvláště chráněných území, tj. národních přírodních rezervací a památek na území celé ČR, včetně vymezování bezzásahových lokalit (budoucích pralesů),
• administrace celostátních dotačních programů (zejména krajinotvorných programů) i vybraných fondů Evropských společenství zaměřených na ochranu přírody a krajiny,
• vyplácení finančních náhrad za ztížení zemědělského a lesnického hospodaření a při hospodaření na rybnících,
• správa státního majetku ve zvláště chráněných územích ČR,
• osvěta a šíření informací v oblasti ochrany přírody a krajiny, poradenství a vzdělávání (EVVO),
• mezinárodní spolupráce v ochraně přírody a krajiny. AOPK ČR je mj. členem konsorcia Evropského tématického střediska biologické rozmanitosti a vědeckým orgánem Úmluvy o mezinárodním obchodu ohroženými druhy volně žijících živočichů a rostlin (CITES) v ČR,
• zajištění dále například strážní činnosti v chráněných územích.